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Flash部分のソースだけに縦横100%の指定をしがちですが、
ドキュメントタイプ宣言の種類によっては正確に表示されないことがあるらしいです。

回避方法としては、swfを内包する全てのブロック要素に

width:100%;
height:100%;

を指定する必要があるらしいです。

フルフラッシュのコンテンツであれば特に他に影響する箇所でもないですし、
body以下swfにたどり着くまでの全部にまとめてかけといた方がよさそうですね。